Neben der Behandlung in traditionellen Klinikstrukturen engagieren die Kliniken sich in verschiedenen Kompetenzzentren und beteiligen sich an Projekten der integrierten Versorgung. In den Zentren arbeiten Ärztinnen und Ärzte verschiedener Fachrichtungen Hand in Hand, damit es Patientinnen und Patienten schnell und dauerhaft besser geht. Ziel der sog. integrierten Versorgung ist die engere Zusammenarbeit von niedergelassenen Ärzten und Krankenhausmedizinern. Von Beginn an stimmen sie sich bei der Behandlungsplanung ab, um doppelte Untersuchungen, überflüssige Wege und unnötige Wartezeiten zu vermeiden sowie die Behandlungsqualität weiter zu verbessern.

Bei den Kliniken der Stadt Köln gibt es derzeit folgende Zentren:

• Das Becken-Bauch-Zentrum am Krankenhaus Holweide. In diesem Zentrum kooperieren Chirurgen, Internisten, Urologen und Gynäkologen, um alle Krankheitsbilder des Becken-Bauch-Bereichs (z.B. Erkrankungen der Speiseröhre, Erkrankungen des Magens und des Magen-Darm-Trakts, der Gallenwege, des Dünn- und Dickdarms sowie Blasen- und Darmschwäche) zu behandeln.
• Die Kliniken der Stadt Köln gGmbH haben unter der Führung der Frauenklinik Holweide ein Brustzentrum gegründet, um Brusterkrankungen in Kooperation verschiedener Abteilungen besonders kompetent behandeln zu können Neben einer optimalen Diagnostik und Therapie ist eine umfassende persönliche Betreuung besonders wichtig. Eine Diplom-Psychologin steht den betroffenen Frauen während des gesamten stationären Diagnose- und Behandlungsprozesses zur Seite. Das Brustzentrum erreichte im Jahr 2007 die Zertifizierung durch die Ärztekammer Westfalen-Lippe.
• Das Rheinische Tumorzentrum Köln, einem Netzwerk von Klinik- und niedergelassenen Ärztinnen und Ärzten, wurde gegründet, um die Versorgung Krebskranker weiter zu verbessern. Behandelt werden unterschiedlichste Krebsformen nach neuesten Forschungsergebnissen und innerhalb innovativer Studienprotokolle. Hochleistungsmedizin findet genauso ihren Platz wie Traditionelle Chinesische Medizin.
• Mit Nachdruck gegen Hochdruck – dieses Ziel hat sich das Nieren- und Hochdruckzentrum gesetzt. Die beteiligten Experten der Medizinischen Kliniken Köln-Merheim, der Urologischen Klinik und der Praxis Dr. Nebel im KfH (Kuratorium für Dialyse und Nierentransplantation e. V.) arbeiten vereint, um den Teufelskreis zwischen Bluthochdruck, Nierenerkrankungen, Herzinfarkt und Schlaganfall zu durchbrechen.
• Die über 2000jährige Tradition chinesischer Heilkunst und die fernöstliche ganzheitliche Betrachtungsweise des Menschen werden in der Ambulanz für Traditionelle Chinesische Medizin ergänzend zur universitären Hochleistungsmedizin eingesetzt. In Zusammenarbeit mit erfahrenen chinesischen Ärzten bietet die Ambulanz ein umfassendes Angebot der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCM) mit ihrer besonderen Diagnosemethode, umfassender Gesundheitsvorsorge und ihren vielfältigen Behandlungsmöglichkeiten.
• Das Zentrum für ambulante Chirurgie Köln-Merheim (ZaCK) bietet die Gelegen-heit, die umfassende Erfahrung und Kompetenz des Krankenhauses der Maximalversorgung auch für ambulante Operationen zu nutzen. Im ZaCK behandeln erfahrene Spezialisten mit besonderen Qualifikationen im Bereich ambulanter Operationen. Das chirurgische Team wird durch erfahrene Narkoseärzte unterstützt. Zusammen mit dem behandelnden Arzt wird ein festes Netz gebildet, das auf Kompetenz, Komfort, Kooperation, Kontinuität und Kommunikation setzt. Angeboten werden Eingriffe aus dem Bereich der Unfallchirurgie / Orthopädie / Sporttraumatologie, der Kleinen Chirurgie, der Plastischen Chirurgie sowie der Viszeralchirurgie.
• Das Hernienzentrum Köln-Merheim (hzm) ist eine innovative Institution zur Versorgung von Hernien in Köln. Im hzm werden neben einfachen Leisten-,Schenkel- und Nabelhernien auch große Bauchwandbrüche oder Narbenbrüche operativ versorgt. Es besteht aus einer Praxis und einer Klinikabteilung. Dies soll gewährleisten, dass Patienten mit einer Hernie umfassend, qualifiziert und individuell versorgt und behandelt werden.
• Das Darmzentrum Holweide zur Behandlung von Tumoren des Dick- und Enddarmes wurde gegründet, um die seit vielen Jahren etablierte Zusammenarbeit der Fachabteilungen zu optimieren. Es hat sich zur Aufgabe gesetzt, Patientinnen und Patienten mit den o. g. Tumoren leitliniengerecht und nach dem aktuellen wissenschaftlichen Stand zu behandeln. Das Darmzentrum wurde als erstes in der Region Köln-Bonn durch OnkoZert, das Zertifizierungsinstitut der Deutschen Krebsgesellschaft, zertifiziert.

Mit verschiedenen Partnern wurden Verträge zur Integrierten Versorgung abgeschlossen:

• Kompetenzzentrum Pädiatrie. Durch die enge Zusammenarbeit zwischen Kinder-krankenhaus und niedergelassenen Ärzten erhalten die Kinder eine Behandlung wie aus einem Guss. Zunächst werden für drei Krankheitsbilder in Zusammenarbeit mit der Techniker Krankenkasse besondere Programme angeboten: Fettleibigkeit, Kopfschmerzen und Rheuma.
• Netzverbund für Patienten mit Fußwunden durch Zuckerkrankheit. Die Chirurgi-sche Klinik des Krankenhauses Holweide beteiligt sich an einem Versorgungsnetz von Ärzten und Krankenhäusern, das sich intensiv sich um die Behandlung von Fußwunden, die eine Folge einer Zuckerkrankheit sind, kümmert. Ziel ist es, die Behandlung von Fußwunden zu verbessern.
• Die Urologische Klinik Holweide beteiligt sich an einem Vertrag zur integrierten Versorgung für Patienten, die an Prostatakrebs erkrankt sind. Ziel ist es, den Patienten eine optimal abgestimmte Versorgung durch niedergelassene Ärzte und Urologische Klinik anzubieten und die Behandlungs- und Lebensqualität zu erhöhen.
• Die Neurologische Klinik Merheim engagiert sich in einem Versorgungsnetzwerk für Schlaganfallpatientinnen und -patienten, das krankheitsbedingte Probleme bewältigen und individuell lösen sowie das Risiko für einen weiteren Schlaganfall verringern will.
• Sowie die IV-Verträge Hallo Baby (gezielte Behandlung zur Vermeidung von Frühgeburten), Multiple Sklerose, Maligne Lymphome und CardioBene