Krankenhaus Merheim
- Klinik für Anästhesiologie und operative Intensivmedizin
- Klinik für Augenheilkunde
- Klinik für Thoraxchirurgie, Pneumologie/Onkologie und Schlaf- und Beatmungsmedizin (Lungenklinik)
- Medizinische Klinik I
- Medizinische Klinik II
- Neurochirurgie
- Neurologie
- Plastische Chirurgie
- Radiologische Klinik
- Klinik für Unfallchirurgie, Orthopädie und Sporttraumatologie
- Klinik für Viszeral-, Gefäß- und Transplantationschirurgie
Krankenhaus Holweide
- Anästhesie
- Chirurgie
- Gynäkologie und Geburtshilfe
- Medizinische Klinik (Innere Medizin)
- Radiologie
- Urologie
Kinderkrankenhaus Amsterdamer Straße
- Kinderanästhesie
- Kinderchirurgie und Kinderurologie
- Kinder- und Jugendmedizin mit Perinatalzentrum und Sozialpädiatrischem Zentrum
- Kinder- und Jugendpsychiatrie und –psychotherapie
- Kinderradiologie
Zentrale Einrichtungen
- Institut für Aus-, Fort- und Weiterbildung
- Institut für Transfusionsmedizin
- Institut für Pathologie
- Zentralapotheke
- Zentrallabor (mit externem Kooperationspartner)
- Zentralverwaltung